Francisco Herrera Rodríguez fue autor de siete libros, seis de ellos como único autor. Inició la línea de investigación sobre la Historia de la Medicina Gaditana con su tesis doctoral, La investigación científica en la Facultad de Medicina de Cádiz a través de las tesis doctorales producidas en la misma en el siglo XIX (1987). De aquí parte su interés por la biografía profesional de algunos médicos que realizaron su labor en la provincia de Cádiz. También realizó investigaciones monográficas sobre la epidemia de gripe de 1918-19 en diferentes localidades de la provincia de Cádiz, análisis y evolución del Colegio de Médicos de Cádiz en el siglo XX, o un estudio monográfico sobre la obra sanitaria de Leonardo Rodrigo Lavín, entre otros.

Dentro de la línea de investigación Historia de la Enfermería Española rescató y analizó textos publicados en el pasado para los estudios de los practicantes, matronas y enfermeras, estudió la estructura asistencial de algunos hospitales de Cádiz y la provincia a través de reglamentos hospitalarios, contratas y otros documentos y realizó una revisión de conjunto de los principales problemas de la enfermería española desde el reinado de Isabel II hasta la transición democrática.

La línea de investigación Historia de la Medicina Hispanoamericana se centra en los estudiantes hispanoamericanos y filipinos que estudiaron en la Facultad de Medicina de Cádiz entre 1844 y 1877 o la labor realizada por médicos gaditanos en la Isla de Cuba en la segunda mitad del siglo XIX, entre otros estudios.

En la línea de investigación Literatura, Medicina y Enfermedad destacan los libros Las enfermedades de Sísifo y Literatura y medicina en la obra del profesor Luis Sánchez Granjel, además de artículos en revistas especializadas.

Francisco Herrera participó en varios volúmenes colectivos, escribió artículos de investigación en revistas científicas y publicó en torno a cien reseñas, de las que casi la mitad se publicaron en Llull, Temperamentvm y Cultura de los Cuidados, entre otras revistas. También ha sido autor del prólogo de varios libros.

Fueron numerosas sus comunicaciones y ponencias presentadas a congresos nacionales e internacionales, así como su participación en la organización de congresos, jornadas y ciclos, como por ejempolo el IX Congreso de la Sociedad Española de Historia de las Ciencias y de las Técnicas, celebrado en Cádiz en septiembre de 2005, en el que participó como miembro de la Comisión de Organización y del Comité Científico.

Dentro del capítulo de exposiciones fue miembro del Comité Organizador de la Exposición del Centrenario del Colegio de Practicantes de Cádiz 1900-2000, llevada a cabo en los claustros de la Diputación Provincial de Cádiz (del 11 al 23 de septiembre e 2000), ocupándose de la selección de fuentes documentales en los archivos públicpos y privados de la provincia de Cádiz, de la elaboración del texto y selección iconográfica de los cincuenta paneles de la exposición y monaje de la misma. También organizó la Exposición sobre la vida y obra del Dr. D. Antonio Orozco, llevada a cabo en el Museo de la Facultad de Medicina de Cádiz, en el contexto del Ciclo In Memoriam Dr. Orozco (noviembre y diciembre e 2001). También fue miembro del Comité Organizador de la Exposición sobre el Dr. Federico Rubio y Gali, celebrada en el Puerto de Santa María (diciembre de 2002 y enero de 2003) y organizó la exposición José Celestino Mutis (1732-1808) : un hombre y su época en el Museo de la Facultad de Medicina de Cádiz (junio a diciembre de 2008).

Perteneció a instituciones como la Real Academia de Medicina y Cirugía de Cádiz, en la que fue Secretario de redacción de la revista Anales de la Real Academia de Medicina y Cirugía de Cádiz, La Real Academia Hispanoamericana de Ciencias, Artes y Letras de Cádiz y la Real Academia Nacional de Medicina o Ateneo Literario, artístico y científico de Cádiz.