El Real Colegio de Medicina y Cirugía abandona su carácter militar en 1836 y pasa a llamarse Colegio Nacional de Medicina y Cirugía (1836), hasta su supresión en octubre de 1843.

Por R.O. del 17 de julio de 1844 se constituye la Facultad de Ciencias Médicas de Cádiz que incorporaba también los estudios de Farmacia, que se impartían en la ciudad con carácter privado. Pero finalmente, el 8 de octubre de 1845 se reorganiza, transformándose en la Facultad de Medicina de la Universidad Literaria de Sevilla, en Cádiz, a la que estará vinculada primero como única Facultad de Medicina de dicha Universidad, hasta que se crea la de Sevilla en el Sexenio Revolucionario -de la mano de discípulos de la gaditana-, conviviendo luego dentro de la misma Universidad con la de aquella Ciudad -hecho insólito-.

Ya en 1979 los Centros gaditanos se separaran de la Universidad de Sevilla para constituir la Universidad de Cádiz, dentro de la que obviamente la Facultad de Medicina ocupa, por su antigüedad, el primer puesto, de ahí el color amarillo de la bandera de esta Universidad.