Sus precedentes más remotos se encuentran en el Colegio de Pilotos Vizcaínos de Cádiz, al que los Reyes Católicos otorgan el 18 de marzo de 1500 la confirmación de privilegios y dan carta de Real Cédula a sus Ordenanzas.

Entre 1804 y 1846 existen dos centros diferentes: la tradicional Escuela Departamental de Pilotos de la Armada, y la Escuela de Náutica dentro de la Academia de Matemáticas y Comercio del Consulado de Cádiz. A partir de 1846 al delimitarse más claramente las competencias de los marinos civiles y militares, desaparece la Escuela departamental de Cádiz, aunque la Armada seguirá con la atribución de los exámenes.

En 1852 la Escuela se integra en un centro mayor: la Escuela de Industria y de Comercio. Este centro politécnico englobaba, junto con los estudios de Ciencias Náuticas, los de Química, Mecánica y Peritos Mercantiles. En 1924 se suprimen todas las escuelas existentes e España y se crean 4 centros oficiales de náuticas en Bilbao, Cádiz, Barcelona y Santa Cruz de Tenerife, con el nombre de Escuela Oficial de Náutica de…

En 1975, la carrera de Náutica pasó al rango de Enseñanza Superior y en 1994, los centros quedaron integrados en las respectivas Universidades. En concreto la Escuela de Cádiz pasa a integrarse orgánicamente en la Junta de Andalucía a través de la Universidad de Cádiz en 1990, llamándose a partir de ese momento Facultad de Ciencias Náuticas.